آیت الله علی خامنه ای، رهبر جمهوری اسلامی ایران، با صدور حکمی محمد رضا نقدی را به سمت رئیس سازمان بسیج منصوب کرده است
در این حکم گفته می شود:«بنا به پیشنهاد فرمانده کل سپاه و نظر به تعهد و شایستگی و تجارب ارزنده جنابعالی شما را به سمت رئیس سازمان بسیج مستضعفین منصوب می کنم. همت و تلاش را بر ایجاد زمینه های لازم برای حضور قویتر و سازمان یافته تر مردم بویژه جوانان عزیز در صحنه های مورد نیاز انقلاب اسلامی قرار دهید و انتظارات گفته شده را برحرکت علمی و نو از جمله در بسیج اقشار، برآورده سازید.»
آیت الله خامنه ای در حکم خود از محمدرضا نقدی با عنوان «سردار سرتیپ بسیجی» نام برده است. با این حکم او جانشین حسین طائب می شود. رهبر جمهوری اسلامی همچنین از حجت الاسلام طائب که در یک سال گذشته فرماندهی بسیج را بر عهده داشته و نیروهای زیر فرمان او در سرکوب معترضان به نتایج اعلام شده انتخابات نقش اصلی را داشته اند به خاطر «تلاش های مخلصانه» اش تشکر کرد. سازمان دیده بان حقوق بشر در ماه اوت گذشته خواستار بررسی نقش حسین طائب در برخوردهای «خشن» نیروهای امنیتی ایران با معترضین در وقایع پس از انتخابات ۲۲ خرداد شده بود.
محمدرضا نقدی همچنین در سازماندهی و تامین مالی گروه انصار حزب الله و سایر نیروهای لباس شخصی نقش چشمگیری داشت و در حمله گروه انصار همزمان با یگان های ویژه به کوی دانشگاه درفاجعه ۱۸ تیر ۷۸ نقش آفرینی کرد.
پیشتر جناح های اصلاح طلب محمد رضا نقدی را به دست داشتن در بازداشت و شکنجه شماری از شهرداران مناطق مختلف تهران متهم کرده بودند.
محمد رضا نقدی در سال ۱۳۷۲ به فرمان آیت الله خامنه ای به عنوان معاون اطلاعات نیروی قدس منصوب شد و پس از مدت کوتاهی فرمانده حفاظت اطلاعات نیروی انتظامی گشت و با درجه سرتیپی از نیروی قدس به نیروی انتظامی منتقل شد. او برخی از همکاران سابقش را به نیروی انتظامی منتقل کرد و آنجا را به محلی برای فشار بر کارگزاران و بخصوص شهردار وقت تهران، غلامحسین کرباسچی تبدیل کرد.
نقدی در حفاظت اطلاعات، تعدادی از شهرداران مناطق مختلف تهران را دستگیر و برای مدتی طولانی آنها را در زندان انفرادی بازداشت کرده و مورد شکنجه قرارداد. او علت این اقدام را جلوگیری از فساد مالی در شهرداری تهران توصیف کرد.
یکی از شهرداران مناطق تهران پس از آزادی در نامه ای به نمایندگان مجلس پنجم درباره نقش محمدرضا نقدی در شکنجه و اعتراف گیری در بازداشتگاه «مخوف» وصال افشاگری کرد.
دیگر همکار محمدرضانقدی در این پروژه مسعود صدر الاسلام معاون وقت اطلاعات نیروی انتظامی بود.
نقدی همچنین در جریان ضرب و شتم عبدالله نوری و عطاء الله مهاجرانی دو وزیر کابینه سید محمد خاتمی نقش داشت.
محمدرضا نقدی همچنین به داشتن نقش اساسی در ماجرای کوی دانشگاه و برخوردهای خشونت آمیز و خونین در زمان ریاست جمهوری محمد خاتمی متهم است.
در ماه مارس ۲۰۰۸ نام محمد رضا نقدی در فهرست افراد تحریم شده شورای امنیت سازمان ملل متحد قرار گرفت.
سرتیپ پاسدار محمدرضا نقدی متولد شهر نجف در عراق است. او پس از انقلاب اسلامی به ایران آمد و به عضویت مجلس اعلای انقلاب عراق در آمد. ورود محمدرضا نقدی به نیروهای نظامی به زمان اعزام وی به لبنان که در همان سال‌های جنگ صورت گرفت باز می گردد و از آن پس او در بخش نظامی مجلس اعلای عراق در لبنان کارش را ادامه داد
